春日部防卫队的成员们在课堂上听老师讲述热带雨林的故事，这激起了他们对热带雨林的强烈向往。野原一家决定前往热带雨林探险度假。在那里，小新结识了神秘的小女孩琪琪，琪琪来自被诅咒的古代玛雅人后裔部落。部落因雨林被破坏面临危机，邪恶的卡酷尤企图利用禁忌力量统治世界。小新等人意外卷入其中，卡酷尤抓走了琪琪。为了拯救琪琪和热带雨林，小新与伙伴们勇敢地和卡酷尤展开对抗。他们凭借着智慧和勇气，历经重重困难，最终成功阻止了卡酷尤的阴谋，让热带雨林恢复了生机。