在纽约的下水道中，生活着四只拥有人类智慧的忍者神龟——拉斐尔、多纳泰罗、米开朗基罗和莱昂纳多。他们跟随师父斯普林特学习忍术，守护城市和平。然而，邪恶势力不断涌现，外星恶徒克朗和他的外星科技军团妄图征服地球。神龟们挺身而出，与克朗展开激烈对抗。在战斗中，他们结识了热爱科学的少女艾普尔，艾普尔运用自己的知识帮助神龟们升级装备。面对强大的敌人，神龟们起初陷入困境，但他们凭借着团结和勇气，不断突破自我。最终，神龟们发挥各自的特长，与艾普尔携手，成功击败克朗，拯救了纽约，继续守护着这座城市的安宁。