《悠久持有者：魔法老师涅吉2》承接前作展开奇幻故事。故事围绕着悠木碧所配音的近卫刀太等角色展开。刀太是一名普通高中生，却意外卷入了魔法世界的纷争。他结识了一群拥有特殊能力的伙伴，像雪姬，她有着神秘的身世和强大的魔力。他们所在的学园都市看似平静，实则暗流涌动，隐藏着古老的魔法组织和邪恶势力。这些邪恶势力妄图利用强大的魔法道具来实现自己的野心，破坏世界的平衡。刀太与伙伴们为了守护学园、保护人类，不断提升自己的魔法能力，一次次与邪恶势力展开惊心动魄的战斗。在这个过程中，他们也逐渐揭开了魔法世界背后的诸多秘密，彼此间的羁绊也愈发深厚。