《执行!!～狗和我和执行官～》围绕着新人执行官日向茧子展开。日向茧子被分配到特殊犯罪对策室，这里有着性格各异的成员。她搭档的是外表冷酷但实力强劲的执行官碓冰愁生。在执行任务过程中，他们遭遇各种棘手的特殊犯罪案件。比如有利用高科技进行犯罪的团伙，他们通过先进的程序窃取重要机密。日向茧子在一次次任务中不断成长，从最初的青涩逐渐变得成熟、果敢。她和碓冰愁生之间的关系也从最初的陌生、不理解，慢慢发展为相互信任、默契十足的搭档。他们与团队其他成员一起，共同对抗邪恶势力，守护着城市的安全。